FETÖ'nün darbe girişimi sırasında, sözde "sıkıyönetim direktifi" konulu mesajın alınması üzerine Sahil Güvenlik Karadeniz Bölge Komutanlığı personeli göreve çağrıldı. Dönemin Sahil Güvenlik Karadeniz Bölge Komutanı Murat Özer, 15 Temmuz 2016 akşamı saat 00.12'de sivil kıyafetiyle özel aracıyla karargaha girdi, saat 00.27'de albay H.K. ile görüştü.
Komutanlığın güvenlik kamera kayıtlarından elde edilen fotoğraflarla, Sahil Güvenlik Bölge Komutanlığı personelinin saat 00.10'dan itibaren bir koşuşturmaca içerisinde olduğu ve "TCSG 30" isimli botun 00.50 sıralarında limandan ayrılarak liman ağzına doğru seyre çıktığı belirlendi. Darbe girişiminin başarısız olacağının anlaşılması üzerine bottakilere "geri dön" emri verildi.
Samsun merkezli 9 ilde FETÖ'nün darbe girişimine ilişkin soruşturma kapsamında 7 Mart 2017'de gözaltına alınan, aralarında dönemin Sahil Güvenlik Karadeniz Bölge Komutanı Kıdemli Albay Murat Özer'in de yer aldığı 26 şüpheliden 21'i 16 Mart 2017'de sevk edildikleri hakimlikçe tutuklandı.
Samsun 3. Ağır Ceza Mahkemesinde yargılanan sanık Özer, savunmasında 2014 yılında Samsun'a atandığını belirterek, "23.45 sıralarında Sahil Güvenlik Komutanı Tümamiral Hakan Üstem beni aradı 'Silahlı Kuvvetler yönetime el koydu, biz askeriz gereğini yapacağız' dedi. Ben de askeri literatür çerçevesinde 'emredersiniz' diyerek sivil kıyafetle özel aracımla karargaha gittim." ifadelerini kullandı.
Özer, ifadesinde şunları söyledi:
"Karargaha vardığımda albay H.K. ile görüştüm. Bana neler olduğunu sordu? Ben de bilmediğimi söyledim. Kendisi ile odamda görüşürken bildiğim kadarıyla 00.12 sularında yüzbaşı M.K. geldi. 'Ankara'dan Sahil Güvenlik Komutanlığı Harekat Merkezinden telefon geldiğini, E.N. isimli bir binbaşının aradığını, 'komutan ami̇rali̇n emri̇ olduğunu, elimizdeki bot ve gemilerin ivedilikle sefere çıkarılması gerektiğini, liman giriş ve çıkışlarının deniz hudut kapılarının kontrol edilmesini' ifade etti, yazılı emrin daha sonra geleceğini söyledi. Ben de Ankara'dan gelen emri̇ rutin bir emir gibi personele iletmelerini, bot ve gemilerle sefere çıkmalarını söyledim. M.K, harekat merkezine giderek emri oradaki görevlilere iletti. Samsun'dan TCSG-30 numaralı nöbetçi olan botu kaldırmasını söyledim, onda silah yoktu. Ankara'nın emri, Sinop ve Fatsa Bot Komutanlıklarına iletilmiş. Dost Gemisi ve birliğimizdeki 3 gemiye talimat vermedim. Yazılı emir saat 01.08'de Ankara'dan çıktı, bizim sisteme 01.15'te gelmiş. Bana getirilişi 01.20 ya da daha sonradır. Yazılı emri görünce bir terslik olduğunu anladım. Ben emri getiren görevliye, H.K. ve S.E'ye götürmesini söyledim. Onların da değerlendirmesini istedim. Bu emrin kanuna aykırı olduğunu kararlaştırdım, botlara geri dönmeleri emrini verdim. Ankara ile bundan sonra kesinlikle temasa geçmemelerini, sadece bizimle irtibatlı olmalarını söyledim. Hakan Üstem'in bizi aramasını anlamlandıramıyorum çünkü sahil güvenliklerin darbeye iştirak edecek güç ve kabiliyeti yoktur."
Mahkeme başkanının, dönemin Garnizon Komutanı Tuğgeneral Mehmet Şükrü Eken ile görüşüp görüşmediği yönündeki sorusu üzerine sanık Özer, "Telefonla görüştük. Eken, bana yazılı emir gelip gelmediğini sordu, geldiğini söyledim. Ben onun sıkıyönetim direktifinde olduğunu bilmiyordum. Başkaca bir görüşmem olmadı." yanıtını verdi.
Mahkeme heyeti, sanık Murat Özer'i 30 Mayıs 2018'deki karar duruşmasında, "Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın öngördüğü düzeni ortadan kaldırmaya veya bu düzen yerine başka bir düzen getirmeye, düzenin fiilen uygulanmasını önlemeye teşebbüs" suçundan müebbet hapse mahkum etti.